Усе каштоўнасці манастыра, уключаючы неацэнны збор абразоў, перанеслі ў Спаса-Праабражэнскую царкву – адзіны дзеючы храм у Полацку на той момант. Насельніцы манастыра былі пераведзены ў Жыровіцкі Свята-Успенскі манастыр.
Адраджэнне манастыра пачалося толькі з прыняццем рашэння Свяшчэннага Сінода Рускай Праваслаўнай Царквы 6 ліпеня 1989 года. Гэта быў вынік працяглых намаганняў вернікаў і прадстаўнікоў царквы, якія змагаліся за вяртанне манастыра да яго гістарычнай ролі і аднаўленне яго духоўнага значэння. У 1990-м у манастыр вярнуліся і сёстры з Жыровіч. У храмах і карпусах манастыра пачаліся рамонтна-рэстаўрацыйныя работы. Менш чым за два гады манастыр змяніўся. Неўзабаве і іконы вярнуліся ў храм. У 1991 годзе частка абразоў са збору былога манастыра перайшла ў Полацкі Богаяўленскі сабор.
Асаблівай увагі заслугоўваюць святыя мошчы прападобнай Еўфрасінні. Двойчы, у 1998 і 2006 гадах, здзяйснялася іх перааблачэнне і агляд. У выніку медыцынскай экспертызы быў устаноўлены факт захавання святых астанкаў у нятленным выглядзе без усялякіх сродкаў кансервацыі, нягледзячы на тое, што мошчы неаднаразова пераносіліся з месца на месца і знаходзіліся ў самых розных кліматычных умовах. Захаваліся не толькі косткі, але і мяккія тканіны, скура.
Захаванне мяккіх тканін і скуры – сапраўды ўнікальная з'ява, якая сведчыць аб жыватворнай сіле святой. Гэты цуд пацвярджае веру і прыцягвае паломнікаў з усяго свету.
У 1997 годзе, напярэдадні свята Узвышэння Святога Крыжа, у Спаскі манастыр быў урачыста прывезены адноўлены Еўфрасіннеўскі крыж, выраблены брэсцкім майстрам М.П. Кузьмічом. Копія крыжа, страчанага падчас Вялікай Айчыннай вайны, узноўлена з неверагоднай дакладнасцю. А праз 10 гадоў у манастыр была дастаўлена новая сярэбраная рака для мошчаў прападобнай Еўфрасінні, створаная таксама М.П. Кузьмічом па ўзоры ракі, страчанай у 1921-1922 гадах.
Захоўваюцца ў манастыры і цудатворныя абразы. Сярод вернікаў шануюцца абразы Божай Маці «Эфеская» і «Краснастокская». Асаблівы здабытак манастыра – абразы «Пакроў Прасвятой Багародзіцы», «Усецарыца», «Іверская» і «Скорапаслушнiца». Яны напісаны на Афоне і наследуюць традыцыі афонскага іканапісу. На Афоне быў напісаны і абраз велікамучаніка і лекара Панцеляймона, у якi ўкладзена часціца яго мошчаў.
Акрамя таго, Крыжа-Узвіжанскі сабор захоўвае некалькі абразоў з памятнымі надпісамі, у тым ліку абраз цара-пакутніка Мікалая II з металічнай таблічкай. Надпіс на таблічцы сведчыць аб ахвяраванні абраза ў памяць аб указе Мікалая II ад 21.01.1910 г., які дазволіў перанясенне мошчаў прападобнай Еўфрасінні з Кіева ў Полацк.
Гісторыя Спаса-Еўфрасіннеўскага манастыра – гэта прыклад стойкасці веры і ўмення беражліва захоўваць і аднаўляць культурную і духоўную спадчыну.